Fakultas Kedokteran Universitas Muhammadiyah berdiri pada tahun 2008 dan mulai menerima mahasiswa tahun Akademik 2008 - 2009.
Pada tahun 2012 mahasiswa sudah memasuki Program Profesi dimana Praktek Kliniknya berlangsung di Rumah Sakit Rumah Sakit Mitra. Pada saat itulah dirasakan kebutuhan akan adanya Rumah Sakit Pendidikan sendiri.
Dimulailah pembangunan RS. Unismuh pada tanggal 28 Juli 2011 dengan peletakan batu pertama oleh Menteri Kesehatan RI Dr. dr. Endang Rahayu Sedyaningsih MPH, diikuti oleh Bupati Kab. Gowa, Ketua PWM Sul-Sel, peletakan batu pertama ini turut dihadiri beberapa pimpinan Daerah Muhammadyah, Civitas Akademika Unismuh dan para undangan.
Di akhir periode Rektor 2016-2020 bangunan hampir rampung secara fisik.
Pada periode Rektor dan BPH 2020-2024 dilaksanakan perampungan beberapa bangunan yang belum selesai dan ada penambahan lahan seluas 7.000 m2 untuk pembangunan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Muhammadiyah Makassar.
Peresmian gedung Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Unismuh Makassar dilakukan langsung oleh Ketua Umum PP Muhammadiyah Prof. H. Haedar Nashir dan Ketua Umum PP Aisyiah dan dihadiri oleh Direktur SDM BPJS Kesehatan pada tanggal 16 Mei 2022.